Die Biotopkartierung erfolgte flächendeckend im Maßstab 1:2.000 ab einer Biotopmindestgröße von 100 m bei einer Biotopmindestbreite von 5 m. Als Kartiereinheiten wurden die Biotope entsprechend der "Roten Liste der gefährdeten Biotoptypen Österreichs" (ESSL et al. 2002, 2004 & in Vorb.; TRAXLER et al. 2005) zugrunde gelegt. Die Aufnahmen wurden in einem Erhebungsbogen, angelehnt an die Biotopkartierung Salzburg (NOWOTNY & HINTERSTOISSER 1994) dokumentiert und in einer MS Access-Datenbank verwaltet. Biotope, die einem gefährdeten Biotoptyp und/oder einem Lebensraumtyp nach der FFH-Richtlinie (FFH-LRT nach Richtlinie 92/43/EWG) zugeordnet werden konnten, wurden zusätzlich mit einer Artenliste dokumentiert. Weiters wurden die Biotope digital auf Farb-Orthophotos abgegrenzt. Die flächendeckenden Geländeerhebungen fanden im Jahre 2006 statt.
Die Taxonomie richtet sich nach FISCHER et al. 2005, die Syntaxonomie nach WILLNER & GRABHERR 2007, GRABHERR & MUCINA 1993 bzw. MUCINA, GRABHERR & WALLNÖFER 1993, ergänzend WILLNER 2001. Zur Ansprache der FFH-Lebensräume wurde ELLMAUER 2005 herangezogen.
Im Untersuchungsgebiet Enns wurden329 Biotope kartiert, welche auf 457 Einzelflächen nachgewiesen wurden. Biotope, die nur teilweise innerhalb des UG liegen, wurden flächig auskartiert. Aufgrund der eindeutigen Begrenzung des UG durch Bahntrasse bzw. Strasse über den Großteil des Gebiets vergrößerte sich die tatsächlich kartierte Fläche nur westlich der Eisenbahnbrücke, somit im Bereich Gesäuseeingang und davor. Die gesamte Kartierungsfläche erhöhte sich von 179,57 ha auf 200,44 ha somit um 12 %. Die Flächengrößen der Einzelbiotope reichen von 30 m (Lavendelweidenau mit Grauerle beim Ennssteg) bis zu 16,3 ha (einheitlicher Abschnitt der Enns zentral im Gesäuse).
